Năm Sùng Trinh thứ 17 (1644), Lý Tự Thành tiến vào Bắc Kinh, vua Sùng Trinh tự sát. Tin tức truyền đến, Tần Lương Ngọc cảm ơn sâu của Sùng Trinh, mặc tang phục, khóc đến ngất đi.

Lúc này nghĩa quân Trương Hiến Trung đã chiếm được một vùng đất rộng lớn, muốn quay lại đánh Tứ Xuyên. Tần Lương Ngọc trình lên Tứ Xuyên tuần phủ Trần Sĩ Kỳ "Toàn Thục hình thế đồ", hi vọng ông ta tăng quân cố thủ 13 cửa ải hiểm yếu của đất Thục, nhưng Trần không nghe. Bà không nản lòng, kiến nghị với Tứ Xuyên tuần án Lưu Chi Bột, Lưu đồng ý, những ông ta lại không có quân để phát đi. 10 vạn quân của Trương Hiến Trung đến đánh Quỳ Châu, Tần Lương Ngọc đến chi viện, nhưng đôi bên ít nhiều quá khác biệt, bà thất bại trở về.

Sau đó Trương Hiến Trung chiếm lĩnh hầu hết đất Thục, kiến lập chính quyền Đại Tây, chỉ còn Tuân Nghĩa, Lê Châu và khu vực Thạch Trụ của Tần Lương Ngọc là chưa quy phục. Thổ ti các nơi đều sợ hãi tiếp nhận ấn tín của chính quyền Đại Tây, Tần Lương Ngọc cũng nhận được ấn tín, bà ngồi trên mình ngựa, trước mặt mọi người, hủy nó đi, khẳng khái nói rằng: "2 người anh em của tôi đều chết vì việc nước, tôi là một người đàn bà yếu đuối chịu ơn nước đã 20 năm, ngày nay không may đi đến bước này, chẳng lẽ lại dùng mấy năm cuối đời làm việc cho nghịch tặc? Đất Thạch Trụ nếu có ai đi theo giặc, cả họ sẽ giết hắn!"

Không lâu sau, tin tức từ Ngạc truyền đến, vợ chồng Mã Tường Lân ở Hồ Quảng chống quân nông dân Đại Thuận, tử trận tại Tương Dương. Trước khi chết, Tường Lân gửi thư cho mẹ tỏ ý quyết sống chết với Tương Dương, Tần Lương Ngọc rất hài lòng.

Dù vẫn giữ liên hệ với các chính quyền Hoằng Quang, Long Vũ, Vĩnh Lịch của nhà Nam Minh, nhưng Tần Lương Ngọc ở nơi sơn cùng thủy tận, không thể làm nên việc gì to tát. Năm Vĩnh Lịch thứ 2 (1648), vua Vĩnh Lịch đang luân lạc ở Tây nam phái người đến gia phong cho bà làm Thái tử thái phó, trao chức Tứ Xuyên chiêu thảo sứ. Tần Lương Ngọc bệnh nặng nằm trên giường đã lâu, vẫn gượng dậy để nhận chiếu. Vài ngày sau, bà mất ở lầu Ngọc Âm, phủ Đại đô đốc, hưởng thọ 75 tuổi, thụy là Trung Trinh.

Cháu nội Mã Vạn Niên an táng bà ở núi Hồi Long, cách huyện Thạch Trụ 3 km về phía đông [12]. Năm Thuận Trị thứ 16 (1659), Vạn Niên quy phụ nhà Thanh.